DeepScient

让 AI 与人类一起攻克真正的科学难题。

DeepScient 是一个跑在 DeepSeek Harness（dsh）运行时上的科研工作台：它把「选题 → 检索 → 实验 → 分析 → 作图 → 写作 → 投稿 → 审稿回应」做成看得见的 12 个阶段、 55 个可判定的门，配上 36 个科研工具、98 条技能和一套可审计的证据链。

它不是聊天框套壳，也不是论文生成器。它坚持三件事：

证据链：每条结论都要能追到数据、数据要能追到能重跑的实验；science_* 工具里没有「编一个数」的出口。
可复现：实验记录、环境、版本、随机种子都落盘，换台机器能重跑出同样的表。
人保留判断权：凡是系统算不出来的（构念效度、创新性、伦理取舍），工具只给检查清单，不替你下结论。

桌面版（Windows）

不想折腾环境：下载自包含安装包，解压即用——不需要 clone 仓库，也不需要单独安装 DeepSeek Harness。

下载 DeepScient-desktop-v0.12.0.zip（约 635 MB）；
解压到短路径（如 D:\DeepScient，不要放在很深的目录里）；
双击根目录 DeepScient 启动.cmd。首启自动装配桌面 profile（实测约 30–40 秒），点「登录 DeepScient」在浏览器完成授权即进入工作台。

安装包内含 deepscient 0.12.0 与 dsh-science 0.5.0，带调度层（M7）：5 个工具（science_org_chart、science_campaign_plan、science_campaign_run、science_campaign_status、science_campaign_report）与 4 级 13 岗编制。数据写在 %USERPROFILE%\.deepscient，不写 ~/.dsh。

从源码构建（开发者形态，复用本机已装的 DeepSeek Harness 桌面壳）：

git clone https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient.git
cd Deepscient
powershell -File deepscient/desktop/assemble-profile.ps1   # 装配 ~/.deepscient/profiles/desktop
powershell -File deepscient/desktop/build-desktop.ps1      # 派生独立应用（约 1.5 GB）
powershell -File deepscient/desktop/deepscient-desktop.ps1 -CreateShortcuts

完整步骤、登录流程、数据隔离与常见问题见 docs/desktop-install.md；
桌面版额外带三个本地科学计算工具：local_compute_devices（CUDA → MPS → CPU 后端探测）、local_numeric（numpy/scipy）、local_symbolic（sympy）。

桌面版（macOS）

Apple Silicon 用户：下载自包含安装包，拖进「应用程序」即用——不需要 Node.js、pnpm，也不需要单独安装 DeepSeek Harness。

下载 DeepScient-0.12.0-mac-arm64.dmg（479 MB；同页也有 499 MB 的 .zip）；
挂载后把 DeepScient.app 拖进 Applications；
首次打开会被 Gatekeeper 拦一次（未签名构建）：右键 →「打开」→「打开」，或执行 xattr -dr com.apple.quarantine /Applications/DeepScient.app；
打开后首启自动装配桌面 profile（约 30–60 秒），点「登录 DeepScient」在浏览器完成授权即进入工作台。

数据同样写在 ~/.deepscient，与 Windows 版共用同一套课题结构，不写 ~/.dsh。

从源码构建（macOS 桌面壳由 deepseek-harness 源码构建，再派生应用）：

git clone https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient.git
cd Deepscient
bash deepscient/desktop/build-desktop.sh --shell "/path/to/DeepSeek Harness.app"
bash deepscient/desktop/assemble-profile.sh
bash deepscient/desktop/deepscient-desktop.sh

完整安装、Gatekeeper、日志、卸载与排错见 docs/desktop-install-macos.md；
macOS 构建链（官方壳源码构建、helper 改名、asar 解包、ad-hoc 重签）见 deepscient/desktop/README-macos.md。

它长什么样

        ┌─────────────────────────────────────────────────┐
        │  DeepScient 工作台（deepscient/）                │
        │  12 阶段 · 55 门 · 课题库 · 计费 · 引导 · 设置   │
        └──────────────┬──────────────────────────────────┘
                       │ 同一个 dsh 运行时，独立数据根/profile/端口
        ┌──────────────┴──────────────────────────────────┐
        │  科研后端（dsh-science/）                        │
        │  36 工具 · 55 门学科数据 · 12 阶段流程定义       │
        │  证据链 / 统计 / 作图 / 写作 / 审稿 / 前沿扫描   │
        └──────────────┬──────────────────────────────────┘
                       │ 技能与外部工具
        ┌──────────────┴──────────────────────────────────┐
        │  98 条技能（随包 17 + 第三方 81）                │
        │  MCP 工具层（可选，papers 23 + pubmed 11）       │
        └─────────────────────────────────────────────────┘

两个包各自独立、可分开用：

包	版本	作用	依赖
`deepscient/`	0.12.0	产品壳：启动器、Host API、Web 界面、调度层、技能与 MCP 装配、验收脚本	dsh 运行时 + `dsh-science`
`dsh-science/`	0.5.0	科研内核：工具、学科数据、流程定义、preset、调度（orchestra）	只需 dsh（`@deepseek-ai/cordis`）

快速开始

前置：Windows 10/11、Node ≥ 22.5、已装 DeepSeek Harness 桌面版。

git clone https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient.git
cd Deepscient

# 1) 把科研后端挂进一个独立 profile（只需一次）
#    在 dsh 会话里执行：
#      plugin_manager install_bundle <仓库根>\dsh-science
#    或打开 dsh 的 Plugins 页，安装本目录下的 dsh-science/

# 2) 从你现有 dsh profile 抽供应商层（不含密钥，只抽 apiKeyEnv 这类变量名）
node scripts/deepscient-sync-models.mjs

# 3) 起实例
deepscient\bin\deepscient.cmd

浏览器会自动打开 http://127.0.0.1:3081（端口占用则顺延 3082–3099）。首次打开有六步引导，见 docs/guide.md。

可选：

# 装 81 条第三方科研技能（联网一次，pin 到 commit，可校验可卸载）
node deepscient/scripts/install-skills.mjs --plan     # 先看会装什么
node deepscient/scripts/install-skills.mjs --apply    # 真装

# 开 MCP 工具层（多源文献检索 + PubMed 全文）
$env:DSH_ENABLE_MCP = '1'
deepscient\bin\deepscient.cmd

它能做什么

能力	规模	说明
流程	12 阶段 / 55 门	每道门对着库里的真实状态判定，不是让模型「觉得可以了」
工具	36 个	23 个挂在具体阶段，13 个跨阶段（查历史、溯源、教练、期刊情报、前沿扫描）
学科	55 门	每门的方法、统计口径、报告规范、常见坑
技能	98 条	随包 17 条 + 第三方 81 条（8 个 MIT 仓库，pin 到 commit）
文献源	8 个内置 + 自定义	Crossref / OpenAlex / arXiv / PubMed / Semantic Scholar / Europe PMC 等
MCP	34 个工具（可选）	`papers` 23 个多源检索下载 + `pubmed` 11 个全文与 MeSH
期刊情报	5000+ 刊	分区、周期、格式、投稿要求，用于选刊与排版

界面里有五个页签：工作台（阶段与门）、课题库、接入（数据源与凭据）、计费（token 真值 + 按你填的价目估算）、说明（这套东西怎么用、边界在哪）。

仓库结构

.
├─ README.md                  ← 你在这里
├─ LICENSE                    MIT
├─ CHANGELOG.md               0.1.0 → 0.4.0
├─ CONTRIBUTING.md            怎么改、怎么验、什么不能提交
├─ ROADMAP.md                 已知边界与后续计划
├─ docs/
│  ├─ README.md               文档总索引（两张包各自的 docs 都在这张表里）
│  ├─ spec.md                 技术规格：实例形态、组合、验收口径
│  └─ third-party.md          81 条第三方技能的来源、许可与署名
├─ deepscient/                产品壳（0.12.0）
│  ├─ bin/                    启动器（PowerShell，必须带 BOM）
│  ├─ host/                   Host API：/health /skills /presets /projects …
│  ├─ client/                 界面
│  ├─ docs/                   9 篇使用文档
│  ├─ scripts/                验收与技能安装（零依赖）
│  ├─ cordis.patch.yml        组合层
│  └─ mcp.patch.yml           MCP 层（默认不加载）
├─ dsh-science/               科研内核（0.5.0）
│  ├─ lib/                    工具注册与流程引擎（ESM）
│  ├─ data/                   55 门学科、统计口径、期刊情报、流程定义
│  ├─ presets/                科研模式 preset
│  ├─ skills/                 随包 17 条技能
│  ├─ skills-vendor/          第三方技能清单（只有 manifest，没有正文）
│  └─ docs/                   7 篇方法论文档
├─ scripts/                   供应商层抽取脚本
├─ tools/                     仓库级工具（打包面校验、发布）
└─ .github/                   CI、Issue/PR 模板、安全策略

怎么验它真的能用

这个仓库的规矩是：声称的每一件事都要有一条能跑的命令对上。

# 打包面（零依赖，CI 与本地同一份）：语法、files 完整性、清单 pin、.ps1 BOM、隐私、文档链接
node tools/verify-packaging.mjs

# 活实例验收（需要实例在跑）：294 项 HTTP/文件断言
node deepscient/scripts/verify-deepscient.mjs --token <本次启动的 token>

# 端到端：真 key 真模型真回答 + 建课题 + 预设体检 + 技能与 MCP 装配
node deepscient/scripts/e2e-science-run.mjs --run --base http://127.0.0.1:3081

# 第三方技能安装器自检（10 项）与干跑
node deepscient/scripts/install-skills.mjs --self-test
node deepscient/scripts/install-skills.mjs --plan

# 运行时面的便携性检查（78 个文件：无提示词变量、无本机路径、无私有插件痕迹）
node dsh-science/scripts/verify-portability.mjs

# MCP 服务器单独握手（绕开 dsh，出错时把 npx 的报错打出来）
node deepscient/scripts/probe-mcp.mjs pubmed

最近一次全绿记录：打包面 20 项、活实例 294 项（不带 token 285 项）、端到端六段 PASS、技能清单 81/81 pin 正确、MCP 开启后注册 34 个工具。

已知边界

诚实列在这里，也写在 ROADMAP.md：

headless 不组合 agent preset，所以「会话里看到几条技能」只能在 Web 会话里验，不能从命令行验。
MCP 只验到「工具已注册」，还没有一次「让模型真的调 mcp__pubmed__* 查到一篇」的完整往返记录。
界面没做截图回归：改动后靠人工看一眼，没有像素级基线。
只在 Windows 上验证过。启动器是 PowerShell，bin/launch.ps1 依赖 BOM；Linux/macOS 需要另写启动器。

路线图

见 ROADMAP.md。近期三条：巨型技能包的折叠路由、MCP 真实调用链、界面截图基线。

许可与致谢

本仓库代码 MIT，见 LICENSE。

第三方技能各自沿用来时许可（全部 MIT 系），清单与署名见 docs/third-party.md—— 包括 K-Dense-AI/scientific-agent-skills（42 条）、 Aperivue/medsci-skills（20 条）、 jxtse/scientific-research-skills（7 条）等 8 个仓库。它们的正文不进本仓库，装的时候按 commit 拉取并校验 sha256。

运行在 DeepSeek Harness 之上：组合层、preset、Host API、Web 界面全部复用它的插件体系。

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